1.兩者的內容不同：學術論文期刊是在某一學術課題具有的新的科學研究成果或創新見解和知識的科學記錄，畢業論文（graduation study）是專科及以上學歷教育為對本專業學生集中進行科學研究訓練而要求學生在畢業前撰寫的論文。 2.兩者的主體不同，畢業論文是學生寫的，期刊論文是科學研究人員，包括學生寫的。 3.兩者的時間不同，畢業論文的時間安排在修業的最后一學年（學期）進行，但是學術期刊論文沒有限制時間。 畢業論文目的在于培養學生的科學研究能力；加強綜合運用所學知識、理論和技能解決實際問題的訓練；從總體上考查學生大學階段學習所達到的學業水平。

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