此后陸續發現大量其它疾病與特定的HLA相關，其中， HLA-B27 抗原見于大約90%的 強直性脊椎炎 病人，以至使HLA分型具有了診斷價值，甚至，能較早地證實疾病亞型之間的臨床區別，例如，尋常銀屑病與HLA相關，而膿皰性銀屑病則不然；青少年性 胰島素依賴型糖尿病 與HLA-B8、HLA-Bw15和HLA-B18相關，而晚期發作型糖尿病并無這種相關。 因此，特定類型的HLA便成為某些疾病的遺傳標志。

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